Wystrój wnętrza rzymsko-katolickiego kościoła pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Kotłowie podzielić można na dwie zasadnicze części. Najstarsza nawa główna znajduje się w części pierwotnego kościoła romańskiego. Krzyżujące się z nią nawy boczne dobudowane zostały na początku XX w. W kościele zachowało się wiele elementów wystroju barowego. Na pierwszym miejscu wymienić należy rokokowy ołtarz główny z XVIII w. Został on wkomponowany w półkolistą absydę świątyni. W jego centrum umieszczono obraz Matki Bożej Kotłowskiej.
Ściany absydy i część dobudowanych na początku XX w. murów zostały pomalowane. Obrazy w prezbiterium przedstawiają sceny z życia Maryi. Na sklepieniu widnieje obraz Boga Stworzyciela, poniżej odnaleźć można wizerunki Adama i Ewy ? pierwszych biblijnych rodziców w raju oraz po grzechu pierwotnym.
W następnej kondygnacji uwieczniono postacie patriarchów i proroków. Poniżej obraz przedstawiający zaślubiny rodziców Matki Bożej ? św. Joachima i św. Annę oraz sceny z życia Maryi w wieku dziecięcym. Odnaleźć można też scenę modlitwy św. Anny w świątyni czy ucieczkę Świętej Rodziny do Egiptu.
W ołtarzach bocznych znajdują się obrazy: św. Anny Samotrzeciej (lewa strona prezbiterium) oraz Powrót Świętej Rodziny z Egiptu (prawa strona prezbiterium). Boczne wejścia do kościoła wyposażone zostały w drzwi wahadłowe.
W nawach bocznych oraz na sklepieniu kościoła umieszczono polichromie związane z kultem maryjnym. Sklepienie kościoła zdobią sceny zwiastowania Najświętszej Maryi Panny, Nawiedzenia św. Elżbiety oraz Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny.
Na południowym murze kościoła namalowana została obrona Częstochowy, po przeciwnej stronie powstał fresk przedstawiający śluby Jana Kazimierza.
Na uwagę zasługuje też dawna chrzcielnica w kształcie kosza obfitości, zwieńczona figurą baranka symbolizującego Jezusa Chrystusa. Jest to chrzcielnica zamykana, w jej wnętrzu znajduje się spiżowy kociołek na wodę święconą.
Od XVIII w. przy południowej ścianie romańskiej nawy głównej znajduje się ołtarz św. Walentego. Na jego postać nałożona została suknia z srebrnej blachy. Obraz nieznanego autora zbliżony jest do stylu bizantyjskiego.
Nad głównym wejściem kościoła zbudowany został drewniany chór z nieczynnymi dziś organami.
Do południowej ściany romańskiej części świątyni, wmurowano fragment ozdobnego bloku umieszczonego w XII w. w pierwotnym portalu zachodnim ? główne wejście do świątyni. Obecnie, w miejscu gdzie kiedyś był portal, znajduje się przejście z kruchty pod wieżą do głównej nawy kościoła.
Po obu stronach piaskowego portalu zbudowane były kolumny kute w granicie, zakończone kapitelami z ozdobnymi maskami zwierząt i winogronem. Na tych głowicach wyrzeźbione zostały głowy ludzkie. Na płaskiej zewnętrznej stronie elementów dekoracyjnych znajdowały się płaskorzeźby kroczących lwów z rozwartą paszczą i podwiniętym ogonem.
Według miejscowej tradycji, wmurowany w ścianę kościoła element przedstawia dawnego bożka pogańskiego.